مولکول های MHC ویژگی زیادی برای اتصال به پپتید ندارند و اتصال MHC به پپتیدها چندان دقیق و اختصاصی نیست و از تنوع زیادی برخوردار نمی باشد و دقت در شناسایی آنتی ژن عمدتاً بر عهده گیرنده های آنتی ژنی لنفوسیت های T می باشد .
هر پپتــید آنتی ژنی برای آنکه بتواند پاسخ ایمنی را بوجود آورد باید دارای بنیان های اسید آمینه ای باشد که اولاً به شکاف مولکول های MHC اتصال یابد ثانیاً بنیان های دیگری از شکاف مولکول MHC بیرون آمده و مورد شناسایی سلول های T قرار گیرند . تعامل مولکول های MHC با پپتیدهای آنتی ژنی دارای چند ویژگی مهم است :
- هر مولکول MHC کلاس یک یا دو دارای یک ناحیه شیار جهت اتصال به پپتیدهای آنتی ژنی متفاوت است .
- پپتیدهای متصل شونده به مولکول های MHC باید ویژگی های مشترکی داشته باشند که اتصال پپتید به MHC را تسهیل کند این ویژگی ها شامل :
الف) اندازه پپتید است که برای MHC-I حدود (۱۱-۸) و برای MHC-II (حدود ۱۶-۱۲) اسید آمینه است ( هر چند که در MHC-II پپتیدهای ۳۰-۱۰ اسید آمینه ای می توانند متصل شوند ).
ب) پپتیدهای آنتی ژنی که به آلل ویژه ای از مولکول های MHC اتصال می یابند دارای اسید آمینه هایی هستند که مکمل ناحیه شیار باشند .
۳) پیوند بین پپتیدهای آنتی ژنی و مولکول های MHC واکنشی اشباع شونده با قدرت اتصالی پایین ( ثابت تفکیک آن حدود ۶-۱۰ مول است) که در آن سرعت ترکیب ، کند و سرعت تجزیه به مراتب کندتر است . با توجه به سرعت تجزیه بسیار پائین احتمالاً پپتیدها پس از پیوند با MHC ساعت ها و حتی روزها متصل به MHC باقی مانده و همین مسئله فرصت اتصال اختصاصی لنفوسیت های T به APC ها را افزایش می دهد .
۴) مولکول های MHC نمی توانند بین پپتیدهای آنتی ژن بیگانه نظیر آنتی ژن های میکروبی و پپتیدهای آنتی ژنی خودی تمایز قائل شوند . در نتیجه مولکول های MHC می توانند هر دو نوع آنتی ژن ( خودی و بیگانه) را عرضه نمایند . آنچه که باعث تمایز میان آنتی ژن های خودی و بیگانه می شود نقش سلول های T در شناسایی این آنتی ژن ها است .
اتصال پپتید به مولکول های MHC نوعی پیوند غیر کوالانسی است که با واسطه واحدهایی از پپتید و شیار مولکول های MHC صورت می گیرد . برای اتصال مناسب پپتید آنتی ژنی به MHC ، وجود فرو رفتگی هایی در کف شیار مولکول MHC الزامی است که بنیان هایی از پپتید آنتی ژنی بنام واحدهای نگاهدارنده[۱] یا بنیان های لنگر مانند بخوبی در داخل آن جای گیرند . این واحدها در وسط یا دو طرف پپتید آنتی ژنی وجود دارند و بطور معمول هر پپتید آنتی ژنی دارای یک یا دو لنگر است که باعث تنوع بیشتر پپتیدهای آنتی ژنی می گردد . البته همه پپتیدها برای اتصال به MHC از واحدهای نگهدارنده استفاده نمی کنند و پیوندهای اختصاصی پپتیدها با مارپیچ های کناری شیار MHC نیز با تشکیل پیوندهای هیدروژنی یا الکتروستاتیکی موثر می باشند . از آنجایی که بسیاری از واحدهای موجود در درون و اطراف شیار MHC پلی مورف هستند ، آلل های مختلف تمایل به اتصال به پپتیدهای متفاوتی دارند . همین پدیده اساس ساختمانی عملکرد ژن های MHC را به عنوان (ژن های پاسخ ایمنی )[۲] تشکیل می دهد . حیواناتی که به یک پپتید خاص پاسخ می دهند دارای آلل هایی از MHC هستند که قدرت اتصال به پپتید و عرضه آنرا به سلول های T دارند .
